學校前身是教育家陶行知于1927年創辦的曉莊試驗鄉村師范；2000年3月，原南京師范專科學校、南京教育學院、南京市曉莊師范學校合并組建成為南京曉莊學院；2014年，南京幼兒高等師范學校并入。

　　截至2021年5月，學校共有方山、莫愁兩個校區，校園面積近1500畝；設有15個專業學院，47個本科招生專業；共有教職工1375人，全日制在籍本科學生18400余人。