學校辦學歷史可追溯至1916年的錢塘道第三聯合縣立師范講習所，1958年開始高等教育，1994年開始招收本科生。1999年經國家教育部批準，原湖州師范專科學校、湖州師范學校和湖州教師進修學院合并成立湖州師范學院。2000年，原湖州衛生學校并入湖州師范學院。2005年、2017年分別通過教育部本科教學工作水平評估和審核評估。2012年開始獨立招收碩士研究生。學校是國務院學位委員會批準的碩士學位授予單位、全國學雷鋒活動示范點、全國助殘先進集體，是國家第一批卓越醫生和卓越農林人才教育培養計劃項目試點高校、浙江省應用型建設試點示范學校、浙江省課堂教學創新校。